但是，隨著市場經濟體系逐步發達和經濟日益全球化，純粹的家族企業只是在一些行業、一定的范圍內有著有限的生存與成長空間，不能成為市場競爭中的真正主角。當市場變革速度越來越快、競爭越來越激烈時，完全由家族成員掌控的封閉式家族管理的弊端就顯現出來了。
弊端之一：組織機制障礙
隨著家族企業的成長，其內部會形成各類利益集團，由于夾雜復雜的感情關系，使得領導者在處理利益關系時會處于更復雜，甚至是兩難的境地。企業領導人的親屬和家人違反制度時，管理者很難像處理普通員工那樣一視同仁,這給企業內部管理留下了隱患。
家族式企業還有一個很普遍的特點就是，可以共苦但不可同甘，創業初期，所有矛盾都被創業的激情所掩蓋，但創業后的三關——分金銀，論榮辱，排座次往往給組織的健康成長造成了阻礙。當對待榮譽、金錢和權利的看法出現分歧時，親兄弟之間、父子之間都可能出現反目現象。
弊端之二：人力資源的限制
家族式企業似乎對外來的資源和活力產生一種排斥作用。尤其是由于在家族式企業中，一般外來人員很難享受股權，其心態永遠只是打工者，始終難以融入組織中。另外，由于難以吸收外部人才，企業更高層次的發展會受到限制。正如新希望集團總裁劉永行所說：“家族企業最大的弊病就在于社會精英進不來。幾兄弟都在企業的最高位置，外面有才能的人進不來，而且一家人的思維方式多少有些類似，沒有一個突破點。大家各有各的想法，要決策某件事就很難，容易耽誤商機。”
弊端之三：不科學的決策程序導致失誤
決策的獨斷性是許多民營企業初期成功的重要保證，許多企業家在成長過程中靠的就是果敢、善斷，因為抓住了一兩次稍縱即逝的機會而成功的。但是隨著企業的發展，外部環境的變遷，企業主的個人經驗開始失效，生意越做越大，投資的風險也越來越大，不像創業初期那樣，一兩次失誤的損失還可以彌補回來。這個時候，保證決策的民主性、科學性就顯得越發的重要。
