組織結構的合理設計是決定企業戰略目標成功的一個重要因素，是為實現目標對資源的一種系統性計劃 。只有調整好企業的組織結構，才能為下一步的流程設計、績效考核激勵體系打下基礎。在快速發展期，民營企業的組織架構問題主要表現為以下三點。
第一，高層管理責權利不清晰。
因此，盡管對于中大規模民企來說，提出高管職能定義缺失的問題看似天方夜譚，但是事實如此，許多民企集團必須在企業發展的同時梳理、定義關鍵部門和高層的主要職能職責，避免出現重疊和缺失的現象。清晰定義的責權利可以使企業高管深明職責所在，目標明確，將有限的資源聚焦，在評估具體業務和管理表現時有據可依，也不會使績效考核本身成為一句空話。
第二，總部和分部、子公司之間的管控關系如何恰當定義？
民營企業隨著商業模式在客戶、地域、產品、服務等維度上的不斷拓展，業務高速推進，許多企業完成了從單一產品線、局部地區經營向多元產品線、跨地區甚至全國經營模式的過渡，企業的層級也從簡單、扁平化，向多層級、集團和事業部、子公司架構演變。因此，合理定義集團與事業部、子公司之間的管控關系變得十分必要。在現實商業世界里，許多民企領袖事必躬親，深度介入企業運營。然而當領袖的管理寬度和企業規模不能夠適當匹配時，管理效率低下的問題就會出現。
集團總部是企業的核心，其肩負對企業的戰略領導、資本管理、能力建設、企業形象和監控等關鍵使命。無論事業部、子公司如何設置，集團總部的角色必須明確，根據集團總部對事業部運營管理參與程度的不同，其定位可分為四種不同管理模式類型。當然，要確定企業的管控關系，必須結合企業的戰略、能力，并且設計相匹配的匯報關系和關鍵管理流程。事實上，由于各事業部、子公司可能處于不同的發展時期，具備不同的能力，因此，許多企業通常采用混合的管控模式。
第三，組織結構怎樣與時俱進？
民營企業的組織結構要與企業的發展戰略結合起來。很多企業都知道可以按照地區、產品等設置矩陣式的事業部組織結構，并且有意識地培養高級管理人員，以解決企業快速發展中的高級人才短缺問題。在企業由“產品為中心”向“客戶為中心”過渡時，也要根據企業戰略來對組織架構進行調整，以支持現行的戰略。
民營企業創始時期，經營管理往往具有粗放化的特征。高層管理人員只有寥寥數人，卻在業務和管理中逐漸形成自然分工，個個身兼數職，都可能擔當跨部門的職能。隨著企業發展、壯大，職能分工越來越細化，專業部門越來越多。但許多民企仍舊過多依賴于經驗和歷史所形成的管理體系。由于高級管理層的職能職責并未經過梳理，存在許多職能重疊、缺失的現象。缺乏清晰定義的責、權、利會直接造成管理效率低下，跨部門溝通、合作困難，個人、部門和企業發展的目標往往不能形成一致性，最終可能造成企業、部門目標難以實現，眾多骨干成員流失。