管理層與股東紛爭：應最大限度保護中小股東的利益
馮鵬程認為，在企業的決策過程中，管理層、職業經理人與股東之間出現分歧甚至爭議是非常正常的一件事，在處理紛爭的過程中需要遵守兩個原則，一是遵守相關法律法規、公司章程；二是要最大限度保護中小股東的利益，不能讓處于弱勢地位的中小股東利益受損。
回到此次萬科重組議案事件的本身，馮鵬程強調，市場上有不少聲音將此次風波歸于萬科與華潤之間的紛爭，這種說法是不嚴謹的。事實上，這是萬科的管理層與股東之間的分歧。而對于萬科重組最終結果，馮鵬程認為，華潤具有央企背景，那么國資委的態度在整個事件中比較關鍵。同時，深圳地鐵的市屬國企身份也是大家比較關注的。而且，即便是董事會、股東大會均通過決議，最終還要看證監會的意見。
關于獨立董事張利平認為自身存在潛在的關聯與利益沖突，申請不對所有相關議案行使表決權而回避表決，馮鵬程稱，他個人的看法是，“如果獨立董事不獨立，那么就不應該擔任獨立董事”。
后萬科時代：管理層應放平心態
從寶萬之爭再到今天的重組拉鋸戰，馮鵬程認為，這與管理層的心態有很大關系。一方面，從法理角度講，職業經理人、企業管理層是無權挑選股東的，另一方面，即便重組不成，那么在深圳地鐵同意的前提下，萬科仍可以有兩個選擇方案，一是讓深圳地鐵成為萬科的小股東，二是與深圳地鐵進行業務合作。
而此次重組也讓萬科的事業合伙人制度也凸顯出一些設計上的缺陷，更有人大膽假設，如果馬云站在王石的位置上，萬科會怎樣？對此，馮鵬程對二人評價稱，王石與馬云都是在各自領域非常出色的企業家，但是二者相比，王石更擅長產業運作，卻在資本運作方面略顯缺乏靈活性。而馬云則是資本運作的高手。對于坊間對王石可能被踢出局的傳言，馮鵬程則表示，”一切皆有可能，一個人對企業的控制，取決于他對企業的貢獻與價值，畢竟資本是逐利的。”
引入資本：企業應愿賭服輸
企業方與資本方的紛爭歷來話題不斷，從太子奶到雷士照明、俏江南再到如今的“華萬之辯”，馮鵬程認為這對中小企業有非常重要的借鑒意義。他強調，在資本運作中，無論企業家與資本方有何分歧、矛盾、紛爭，但是企業想快速做大做強，想要實現財富最大化，資本運作是唯一的選擇。
同時，一旦選擇了資本運作的方式，企業家就必須懂得并遵守市場資本運作的規則，并且企業家要對資本介入后的風險有一個基本的認知，同時也要學會去規避風險，“只要資本方在合理合法的前提下與企業簽署協議，那么無論結局如何，企業都應愿賭服輸”。
