組織結構與企業戰略、管控和流程緊密相關乃至互相影響，因此，組織優化設計的路徑一般有這么幾種做法：

一、戰略決定組織，即基于戰略的變化來調整組織結構

當外部環境發生變化或者企業的經營環境發生變化時，既要重新制定戰略或調整戰略，相應的組織結構也要隨之進行調整，以適應和支撐新的戰略發展要求，比如公司確定了五年之內規模和收到達到行業前三位的目標，而靠自身經營又難以實現時，就需要考慮加強資本運營 的職能。

二、管控決定組織，即先確定管控模式，然后相應的優化調整組織結構

對于集團化企業來說，對下屬企業什么實行樣的管控模式，集團總部定位什么樣的功能，將決定集團總部組織結構的設計。比如實行財務型管控，總部只需要具備或加強投資、財務、績效考核方面的職能，而實行操作性的管控，則需要具備戰略、投資、財務、重大人事任免、預算、計劃、績效考核甚至營銷、采購方面的職能，因而總部的結構設置完全不一樣。

三、流程決定組織，即先優化設計流程，然后調整設計組織結構

企業的流程合理與否影響組織運行的效率高低，因此，通過企業流程的梳理和優化來推動管理職能的發揮，打破部門職能分割造成的掣肘，也是流程導向性企業設計組織結構的一種可行方法。

但是通過流程設計組織時，需要對流程和機構進行反復調整，因為流程走向的前提是有相應的部門存在，而在組織設計前部門是不存在的，這就需要先進行部門的假設，而后再不斷的調整，達到流程和部門之間的全部匹配。因此，通過流程來設計組織花費的時間會較長，從這方面來說，也有人提出通過流程來設計組織是不科學的。